Al-Fajri menggunakan struktur Cooperative Learning untuk mengembangkan kepekaan terhadap kebutuhan masalah dan aspirasi orang lain dan juga kemampuan untuk menyesuaikan perilaku diri dalam bekerja secara efektif dengan orang lain.

Struktur Cooperative Learning memungkinkan anak mampu mengembangkan keterampilan yang dibutuhkannya untuk memenuhi tuntutan dari meningkatnya interdependensi secara ekonomi dan sosial di dunia ini. Hasilnya sikap kerja sama, empati serta sopan santun menjadi ciri khas yang muncul kuat dalam setiap diri anak didik Al-Fajri.

Pemodelan adalah napas/jiwa dari proses pembelajaran di Al Fajri. Motto kami : sedikit bicara banyak bekerja. Memiliki Al-Fajri memiliki material Montessori yang penggunaannya memodelkan siklus kerja, yang memungkinkan anak mengembang-kan ketrampilan dasarya dalam berbahasa, bermatematika dan berolah diri. Kami menggunakan peralatan dan metode ini sejak Al Fajri berdiri pada 1993

“‘Brain-based learning: Kami menggunakan salah satu prinsip belajar yaitu belajar berbasis otak karena. prinsip belajar ini bersifat aman secara fisik dan. psikis. Implementasinya di Al-Fajri ada pada disain kelas yang terbuka yang memungkinkan setiap anggota sekolah berinteraksi sebagai satu keluarga besar (karena sesama muslim adalah saudara).

Bagi Al Fajri menyediakan pilihan yang se-suai dengan Multiple Intelligen-ces juga menjadi keharusan. Al Fajri percaya setiap otak adalah unik yang membuat setiap individu pintar dalam berbagai cara. Maka dari itu pula Al Fajri tidak menggunakan ranking dalam proses evaluasi belajar.

Al-Fajri menggunakan metode dasar brain-based learning yang mengintegrasikan keterampilan dan isi/kurikulum ke dalam tema penuh arti yang berkaitan erat dengan kehidupan nyata.

Di Al-Fajri anak mengeksplorasi sebuah tema yang memungkinkan-nya mengenal dimanapun konsep-konsep dalam tema tersebut dipakai dalam kehidupan sehari-hari. Anak belajar disiplin ilmu tertentu bukan dari buku, tetapi dari kehidupan nyata yang memperlihatkan pengaplikasian konsep-konsep disiplin ilmu tersebut.

Karena itu metode ini membuat anak merasa nyaman dan belajar dalam suasana yang menyenangkan.