Sekolah Islam Al-Fajri menerapkan struktur pembelajaran Cooperative Learning untuk mengembangkan kepekaan terhadap kebutuhan masalah dan aspirasi orang lain, serta kemampuan untuk menyesuaikan perilaku diri dalam bekerja secara efektif dengan orang lain.

Struktur Cooperative Learning memungkinkan anak untuk mampu mengembangkan keterampilan yang dibutuhkannya, dalam memenuhi tuntutan dari meningkatnya interdependensi secara ekonomi dan sosial di dunia ini. Hasilnya adalah sikap kerja sama, empati serta sopan santun, yang kemudian bertransformasi menjadi ciri khas yang muncul sangat kuat dalam setiap diri siswa-siswi yang menjalani pendidikan di Sekolah Islam Al Fajri.