Al-Fajri menggunakan metode dasar brain-based learning yang mengintegrasikan keterampilan dan isi/kurikulum ke dalam tema penuh arti yang berkaitan erat dengan kehidupan nyata.
Di Al-Fajri anak mengeksplorasi sebuah tema yang memungkinkan-nya mengenal dimanapun konsep-konsep dalam tema tersebut dipakai dalam kehidupan sehari-hari. Anak belajar disiplin ilmu tertentu bukan dari buku, tetapi dari kehidupan nyata yang memperlihatkan pengaplikasian konsep-konsep disiplin ilmu tersebut.
Karena itu metode ini membuat anak merasa nyaman dan belajar dalam suasana yang menyenangkan.